外泌體的蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定基本和常規(guī)蛋白質(zhì)組鑒定方法一致，都是基于（bottom up）自下而上的模式，即首先將蛋白酶解成肽段，然后利用液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)分析肽段混合物，最后通過數(shù)據(jù)庫檢索實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的鑒定。

基于質(zhì)譜的的外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)可以按照是否有同位素標(biāo)記分為非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)和穩(wěn)定的同位素標(biāo)記的蛋白質(zhì)組學(xué)。