目前人們多采用超速離心、免疫磁珠、超濾、沉淀或試劑盒等方法實現外泌體的提取分離。

外泌體分離的傳統(tǒng)方法為差速超速離心法和密度梯度超速離心法等，差速超速離心法是目前外泌體提取最常用的方法。

簡單來說是將細胞培養(yǎng)液或體液等樣本依次在300 g、2 000 g、10 000 g離心去除細胞碎片和大分子蛋白質，最后100 000 g離心得到外泌體。

另一種常用的外泌體分離方法為密度梯度離心法，將樣本和梯度材料一起超速離心，樣品中的不同組分沉降到各自的等密度區(qū)，分為連續(xù)和不連續(xù)梯度離心法。