對細胞外囊泡組成的研究表明，它們可以攜帶各種物質(zhì)，包括蛋白質(zhì)、脂質(zhì)和核酸，并且這種含量在細胞和條件之間可能會有很大差異。如脂質(zhì)含有磷脂、固醇，細胞特異性蛋白等，胞內(nèi)有酶、信號傳導(dǎo)物質(zhì)、核酸等。根據(jù)細胞類型，細胞外囊泡將顯示一組細胞類型特異性蛋白質(zhì)，這些蛋白質(zhì)解釋了它們的特定命運和功能。

外泌體蛋白組成有細胞骨架蛋白、熱休克蛋白，跨膜蛋白等等，也從中發(fā)現(xiàn)了一些高度保守且與細胞起源無關(guān)的蛋白質(zhì)，可作為外泌體的標志物蛋白。

源于母細胞膜的蛋白如CD63、CD81、CD82、CD9等、細胞漿膜蛋白如浮艦蛋白；在MVB加工過程加入的蛋白如Alix、Tsg101等；細胞質(zhì)蛋白如細胞骨架蛋白（微管蛋白、肌動蛋白、肌動蛋白結(jié)合蛋白）、內(nèi)膜融合/轉(zhuǎn)運蛋白（膜聯(lián)蛋白、Rab蛋白），和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)蛋白（蛋白激酶、G蛋白）；以及多種代謝酶類（過氧化物酶、丙酮酸和脂肪激酶、烯醇酶）等。