磁珠法細胞分選是基于磁珠上的官能團，直接或間接地與細胞表面配體相互識別作用后，進行特異性捕獲分離的。用于細胞分選的磁珠多為免疫標記磁珠，即磁珠上直接或間接耦聯(lián)抗體，與目標細胞表面抗原特異性識別。

直標磁珠耦聯(lián)標記抗體，可與細胞上的抗原識別結合，使磁珠直接與細胞連接，從而可通過磁性分離獲得目標細胞；間標磁珠耦聯(lián)通用官能團，通過識別細胞上標記的一抗，對目標細胞進行捕獲，常用的間標磁珠有抗免疫球蛋白磁珠、抗生物素磁珠、抗鏈霉親和素磁珠和抗熒光素磁珠等。間標磁珠擴展了細胞分選范圍，研究者可使用自備的抗體或配體對目標細胞進行分離純化。